Tantangan yang dihadapi Direktorat Jenderal Aplikasi Informatika Kementerian Komunikasi dan Informatika lebih dinamis dibandingkan satuan kerja lainnya. Perubahan dalam era digitalisasi yang begitu cepat mendorong Ditjen Aptika Kementerian Kominfo melakukan adaptasi susunan atau nomenklatur struktur organisasi untuk menjawab dinamika dunia siber.